昌马石窟座落在玉门市昌马乡水峡村西面南北长约500米的山崖中央，离地面约25米。石窟向南距乡政府约5公里，向北到玉门镇及312国道约70公里。该石窟开凿于五代宋初，后历元明又有续凿和修复。原有石窟共计24座，分为上窖石窟和下窖石窟，分布在昌马乡水峡村的上窖山和下窖山一带。1932年12月25日8时45分，昌马盆地发生了一起震级为7.7级的强烈地震，震中在昌马盆地朱家戈壁一带，造成昌马盆地死亡270人、伤300多人、死伤牲畜100多头、约87%的民房倒塌的巨大损失。就在这次大地震中，昌马上窖石窟的12座洞窟全部被震塌，石窟中的壁画、彩塑等各种文物被全部损毁。昌马下窟石窟的大多数洞窟也被这次大地震损毁，只有4座洞窟幸存，这就是我们今天看到的昌马石窟的4座洞窟。

昌马石窟具有较高的艺术价值，一般认为，敦煌石窟包括敦煌莫高窟、安西榆林窟和玉门昌马石窟。所以说，昌马石窟是敦煌石窟的重要组成部分，是莫高窟和榆林窟的姊妹窟。从洞窟的壁画和雕塑内容看，主要反映了当时社会的生产和生活状况，其中渗透了较为浓厚的佛教思想；从洞窟开凿形成上看，敦煌莫高窟、安西榆林窟及新疆的石窟寺相似之处很多；从艺术价值上说，其彩绘和彩塑的手法新颖，形象逼真，风格色丽，大多数壁画入选《河西石窟图谱》，其精彩壁画还常做为《中国美术史》的封面出版；从洞窟的壁画和雕塑内容看，主要反映了当时社会的生产和生活状况，其艺术手法，与敦煌及新疆等古丝绸之路的石窟艺术手法极为相似，有些已经达到了极高的艺术境界，也许是同时代或同类型的工匠所绘。1981年，昌马石窟被甘肃省人民政府列为省级文物保护单位。